網路上流傳或是各廟寫的天后封號的時間，還有「天上聖母」的由來，都明顯與史實不符。
清朝初期，為斷絕中國大陸沿海居民對在台灣的鄭成功明鄭王朝的接應，因此頒布「遷界令」也就是實施海禁。 該命令要求山東至廣東沿海居民遷入內地，並以修築工事、派駐兵員等手段監督。這20餘年期間沿海眾多天妃廟被荒廢，媽祖信仰陷入低潮。湄洲祖廟本應也在撤除的範圍內，但因鄭成功在福建沿海島嶼都有佈署軍隊，所以未受到遷界令的影響，但沿海商路遭阻斷，絕對會打擊到媽祖信仰的發展。《欽定大清會典則例》，卷八十四
康熙十九封護國庇民妙靈昭應弘仁普濟天妃，遣官詣福建莆田縣致祭，祭文由翰林院撰
清朝國家級祭祀最高等級是孔子、關公，第二級是山川岳瀆之神享春秋二祭，第三級是河神
康熙22年(1683)，汪楫、林麟焻出使琉球，歸來後上疏請求春秋二祭，但被禮部以與天妃相同祭祀等級的黃河神並沒有春秋二祭之例，因此否決海神天妃春秋祭祀的請求。可見清初時期對於媽祖並不太重視。
康熙23年(1684)，施琅平定台灣，上奏請封媽祖為天后，學者徐曉望指出清朝官方史料並未有獲准的紀錄，康熙是批示退還禮部另議，包含康熙本人這時期所留的資料都是稱呼媽祖為「天妃」，但康熙中業時期民間已有朝廷賜封天后的傳說，甚至影響到福建地方官員及地方志書，直到雍正3年的朱批才使天后的稱呼合法化。《康熙起居注》
康熙二十三年甲子八月二十二日乙卯早，福建水師提督施琅請封天妃之神，禮部議不准行，但令致祭。上曰：「此神顯有默佑之處，著遣官致祭，此本著還該部另議。」可知施琅確實有上奏要求請封媽祖，但康熙只准遣官致祭，在《大清會典》中也找不到康熙期間有敕封天后的紀錄。但這件事卻在官員、民間誤傳並相互引用。
康熙23年(1684)，施琅平定台灣後先將寧靖王府改為天妃宮(現今台南大天后宮、祀典大天后宮)，為台灣最早官方所建立的媽祖廟，康熙賜匾「輝煌海澨」，此為皇帝給台灣媽祖廟最早的題匾(蔡相煇教授提出此匾僅在蔣毓英《台灣府志》中提到，但其他史料文獻中均未提及，有違常理，並質疑這可能是個冒名的偽志)，再令水師各衙建置天妃宮，此後台灣各地媽祖廟逐漸增加。施琅攻台前有請湄洲祖廟的開基二媽上船，現祀於鹿港天后宮(舊祖宮)，據說是祖廟當初最原始的六尊中唯一倖存的最早媽祖。
由施琅將寧靖王府改為天妃宮的行為推敲，很可能為施琅平定台灣後要祭祀媽祖，可是卻找不到媽祖廟可祭拜，所以才籌資改建天妃宮，這可由施琅的《靖海紀》中他到台灣後祭祀過土地山川等神卻未曾有到過天妃廟祭祀的紀錄可看出端倪，施琅如此推崇媽祖，不可能不到媽祖廟祭拜。因此台灣的媽祖信仰在當時可能並不普及，若有的話也可能僅是名不經傳的小廟，至少在目前可考證的史料文獻中，這是台灣第一個媽祖廟。
天妃廟：一在城南縣署之左。康熙五十六年，知縣周鍾瑄鳩眾建。一在外九莊笨港街。三十九年，居民合建。一在咸水港街。五十五年，居民合建。一在淡水乾豆門。五十一年，通事賴科鳩眾建：五十四年重建，易茅以瓦，知縣周鍾瑄顏其廟曰「靈山」
康熙51年(1712)，淡水干豆門天妃宫(現今關渡宮)由通事賴科鳩眾創。
康熙55年(1716)，鹹水港居民合力創建天妃宫(現今鹽水護庇宮)。
康熙56年(1717)，諸羅縣知縣周鍾瑄鳩眾於縣署之左創建天妃宫，現今神像安奉於嘉義城隍廟後殿，這也是每年元宵節嘉義城隍廟要辦花燈及遶境的原因。
康熙58年(1719)，臺灣府各官捐俸於鹿耳門創建天妃宫。
康熙59年(1720)，海寶與徐葆光奉使琉球平安歸來，再次請奏給與媽祖春秋二祭，清廷乃將媽祖列為朝廷祀典春秋二季祭祀。
遂定臺灣。經臣施琅恭疏奏具題，聖祖仁皇帝敕建天妃神祠，其原籍興化府莆田縣湄洲勒有文以紀功德。隨又加封天后。
臣等仰懇聖恩親灑宸翰，制成匾額，臣等恭摹為三，一奏於天后原籍聖祖敕建之祠，一懸於廈門鎮祠中，一懸於臺灣府祠中。這道奏摺受民間傳說的影響，提到施琅上疏請祭祀天妃，然後康熙又再加封天后。雍正對此並未提出異議，反而順勢批示：
國家崇德報功，人神一理，該部查議具奏。
雍正的這段朱批顯示官方已默認天后的稱呼。後來雍正也因平定朱一貴事變親書「神昭海表」匾額給天后原籍聖祖(康熙)敕建之祠(湄洲祖廟)、廈門鎮祠(廈門全部的媽祖廟)、臺灣府祠(台灣大天后宮)三地的媽祖廟。
查福建省城南臺地方，舊有神祠，為萬民瞻禮之所，臣等不揣冒昧，懇求聖恩，俯照媚洲等處並頒御書匾額，敕令春秋祭祀照依龍神之例，督、撫依期主祭。臣等更有請者，伏惟天后凡在江海處所，靈應如響，其各省會地方，如曾建有祠宇，而未經設立祀典之處，並請降旨一例舉行，則祟德酬功之令典昭垂萬祀矣。
這個奏摺的影響不只讓雍正賜匾「錫福安瀾」給南台天妃宮(現今福建福州市南台江畔)也下令沿海各省春秋二季都要有省級官員祭祀。
以祭祀等級的發展歷程來說，康熙19年(1680)萬正色為媽祖取得官祀神明的地位、康熙59年(1720)海寶與徐葆光爭取到春秋二祭的地位、雍正11年(1733)郝玉麟與趙國麟更讓祭祀要由省城最高長官總督與巡撫主祭，凡有建過媽祖廟的地方都要舉行祭祀。此時，媽祖的祭祀等級已達國家級祭祀最高等級，等同孔子、關公。
乾隆51年(1787)，爆發林爽文事件後被福康安平定，乾隆53年(1789)加封「顯神讚順」，福康安協眾官公建海安宮，並賜台灣各天后宮御賜匾「佑濟昭靈」。
乾隆年間，莆田儒生林清標編《敕封天后志》，承繼《天妃顯聖錄》並補充雍正、乾隆間的媽祖封賜的紀錄
嘉慶常主動祭祀天后，是清朝最崇信媽祖的皇帝
嘉慶5年(1800)，在冊封琉球的使節出發前，加封天后「垂慈篤祐」
嘉慶6年(1801)，封聖父母積慶公、積慶夫人，並規定各縣有天后宮的地方都要春秋祭祀天后父母。
嘉慶17年(1812)，笨港天后宮改名朝天宮，「朝天」就是指祖廟「朝天閣」之意。
嘉慶23年(1818)，奉天宮建於新南港街。
道光6年(1826)，因護佑海運漕糧有功，加封「安瀾利運」。
道光19年(1839)，因出使琉球的林鴻年、高人鑒上奏，加封「澤覃海宇」。
道光28年(1848)，天后再度保佑海運漕糧，加封「恬波宣惠」。
咸豐2年(1852)，感謝保佑海上漕運平安完成，加封「導流衍慶」。
咸豐3年(1853)，福建總督王懿德因感謝媽祖保佑台灣往來運糧船隻平安請封，加封「靖洋錫祉」，並賜匾「德侔厚載」給台灣大天后宮。
咸豐5年(1855)，助擊退海盜熱河督統英隆請封，加封「恩周德溥」。
咸豐5年(1855)，江蘇漕運總督請封，加封「衛漕保泰」。
咸豐7年(1857)，閩浙總督王懿德再度因漕運請封，當時曾國藩的湘軍讓太平天國戰局逆轉，加封「振武綏疆」。
定例，封號至四十字不復加，間有之，非常制，止金龍四大王四十字外加號錫，天后加至六十字，復錫以嘉佑云。《清會典》
天后封號，字數過多，前已定為四十字，以昭慎重。惟本屆海運迅速抵津，江蘇巡撫復請加封。此次敕封之後，即永為限制，於各處天后神牌一體增入，嗣後續有顯應事蹟由各該督撫另行酌辦。奉旨，加封天后「嘉佑」二字。
光緒年間清朝對台灣天后宮的賞賜多為賜匾
光緒7年(1881)，台灣屢遭颱風侵襲但未釀災，何璟、岑毓英上奏，賜匾「與天同功」給台灣各天后廟。從《光緒起居注冊》、《清代媽祖檔案史料匯編》可知，「與天同功」匾第一版墨書係光緒命南書房翰林所書之匾式一份，並非光緒親筆。此份墨書匾式輾轉經各省交至何璟等人手上後，再由其鉤摹複製成多份（即第二版墨書），分交臺灣各媽祖廟製成木匾。目前臺中大甲鎮瀾宮、彰化市內天后宮、彰化鹿港天后宮、臺南大天后宮、高雄鳳山雙慈亭與內埔六堆天后宮是臺灣所見「與天同功」匾年代最早的一批。
光緒13年(1887)，嘉義大旱，嘉義縣地方官民迎北港媽祖祈雨有成，由劉銘傳奏請光緒皇帝賜匾「慈雲灑潤」給北港朝天宮。
《大清德宗景皇帝實錄》卷239對於「慈雲灑潤」一匾的記載
乙亥，以神靈顯應，頒福建臺灣嘉義縣城隍扁額曰「台洋顯佑」，龍王廟扁額曰「海嵎昭靈」，天后宮扁額曰「慈雲灑潤」。光緒15年(1889)，台灣東部暴動平定後，賜台東卑南馬蘭天后宮(現今台東市天后宮)「靈昭誠佑」匾，這是台灣天后宮得到的第八塊也是最後一塊皇帝賜匾。
光緒21年(1895)，簽訂馬關條約割讓台灣給日本，台灣開始發展自己的媽祖文化。
宣統（1909-1911），小皇帝才登基沒多久，清朝就結束了，民國後就再也沒有封號了。
《台灣通史》，卷二十二，宗教志
康熙十有九年，閩浙總督姚啟聖奏言：「蕩平海島，神佑靈異，請錫崇封」；遂封「天上聖母」。但康熙19年是封「護國庇民妙靈昭應弘仁普濟天妃」，不是「天上聖母」
有人說是雍正4年助滅皇宮大火敕封的，但只查到雍正3年(1725)吏部文選司起火，吏部所有檔案被焚毀的紀錄，但吏部不在紫禁城內，而且雍正是最注重消防的皇帝，這應該不太可能。
也有說乾隆52年封的並御賜「恬瀾昭貺」匾額，但都沒資料證明。但這塊廈門博物館的天上聖母實録匾有提到乾隆五十一年丙午，台匪滋事，五十二年公中堂福康安統領兵船三百餘號，於九月初四蚶江開渡，初五齊抵鹿港登岸，飆風大作，始知聖母庇佑。未幾，台地蕩平，福中堂奏聞神功，敕封天上聖母。 御賜恬瀾昭貺匾額 節録福建通志 嘉慶十年春正月吉旦
「恬瀾昭貺」 是因福康安平定林爽文事件乾隆給廈門天后宮的匾額，此次加封媽祖的封號是「顯神讚順」。或許有人把「敕封天上聖母。 御賜恬瀾昭貺匾額」這句話的意思誤會為「敕封媽祖為天上聖母，並賜恬瀾昭貺匾額」所以才會有乾隆52年敕封媽祖為天上聖母並賜恬瀾昭貺匾額的傳說。但還是無法解釋「天上聖母」是怎麼來的，但至少知道嘉慶10年時，「天上聖母」這個稱呼就已經存在了。也有說是從「天后聖母」轉變來的(我覺得比較合理)，感覺這問題就和解答何時封「天后」一樣難解。
為證明是台灣最早官廟 大天后宮仿製歷代御匾
楊淑芬/台南報導
一級古蹟台南大天后宮，最近將廟中兩塊匾額取下整修，驚動各界。雖然廟方立即將匾額重新掛上，但經此一事件，各界赫然發現，大天后宮最近勤跑對岸，將所謂的歷代御匾一一仿製回來，讓過去曾經擁有的，一個都跑不掉，目的無他，要證明祂是台灣最早官廟地位。
大天后宮副主委曾吉連說，大天后宮匾額實在太多，清朝時代的匾額就有五十六塊，日治時代有廿多塊，民國光復以來更多。如果全數懸掛，所有樑柱都還不夠，因此有時會更換更換，取下不重要的匾額。
但是廟方近年來卻極力考證，翻遍兩岸有關大天后宮記錄，將清代以來，皇帝御匾，一一還原。據考證，當時皇帝御筆所寫的共有六塊。
但是七十三年間，成大歷史系何培夫調查時僅存咸豐年間的「德侔厚載」、和光緒的「與天同功」兩匾額。八十年間，廟方複製康熙的「輝煌海澨」、雍正的「神昭海表」，在大天后宮第一期整修工程完成後，依年代，將這兩塊仿匾置放正殿媽祖神像正上方，同時也複製乾隆的「佑濟靈昭」，放在旁邊。何培夫批評，偽品擺中央，正品擺兩旁的做法不可取，後代會混淆，分不清何者為真何者為假。後來廟方在第二期整修工程之後，將「德侔厚載」和「與天同功」，改換位置，放到正殿中央；同時增加仿製的乾隆御匾「錫福安瀾」。
若依據中國時報報導台南大天后宮複製「輝煌海澨」匾的理由只是根據此志的話，那就好玩了，而且「錫福安瀾」是給「南台天妃宮」(福建福州市南台江畔，不是台南天妃宮)不是給臺灣府天妃宮的匾額。
2004年莆田學者蔣維錟教授為台南大天后宮寫了〈國定古蹟大天后宮御匾考識〉提到大天后宮還有「錫福安瀾」御匾：據乾隆《福建通志》、《重修臺灣縣志》記載：「天后宮在西定坊……雍正四年御賜『神昭海表』額於今廟，十一年再賜『錫福安瀾』匾。」此匾原為雍正十一年福建總督郝玉麟等為省城福州天后宮請賜。復查郝之奏摺原文，此次請匾亦關係臺灣事務：「上年土番不法，臣玉麟欽遵諭旨，徵調官兵，安抵臺灣，尅期奏捷，是皆聖主敬禮神明，得邀天后弘施庇護。」故而，臺灣府天后宮複製此匾敬懸，亦屬順理成章之舉。
皇帝賜匾給台灣天后宮紀錄(可能不完整)
- 康熙23年(1684)，康熙賜匾「輝煌海澨」給臺灣府天妃宮(現今台南大天后宮)。
- 雍正3年(1725)，雍正親書「神昭海表」匾額給湄洲祖廟、廈門全部的媽祖廟、臺灣府祠(現今台南大天后宮)三地的媽祖廟。
- 乾隆48年(1783)，賜匾「利濟參天」給松山慈祐宮開山祖師爺「衡真法師」。
- 乾隆53年(1789)，賜匾「佑濟昭靈」給台灣各天后宮。
- 咸豐3年(1853)，賜匾「德侔厚載」給台灣大天后宮。
- 光緒7年(1881)，賜匾「與天同功」給台灣各天后廟。
- 光緒10年(1884)，賜匾「翌天昭佑」給淡水福佑宮，同期還有基隆慶安宮的「戴德二天」(下落不明)。
- 光緒13年(1887)，賜匾「慈雲灑潤」給北港朝天宮。
- 光緒15年(1889)，賜匾「靈昭誠佑」給台東卑南馬蘭天后宮(現今台東市天后宮)