我們現在流傳的媽祖故事都是在這個時期奠定的基礎，以前文獻中沒有的，現在都出現了，而且描繪的越來越詳細了，開始出現專屬的佛教、道教經典、神話小說還有重要的傳記《天妃顯聖錄》。
就連明代的周瑛也在《興化府志》卷二十五〈天妃廟〉感嘆：「予少時讀宋《郡志》，得紹熙初本，亦稱妃為里中巫；及見延祐本，稱神女；今續《志》皆稱都巡檢願女，漸失真矣！」
言歸正傳，明代皇家信奉的護國之神是玄天上帝(玄武大帝、真武大帝)，因此明代官方認定的海神也是玄天上帝。由於開國初期，明太祖朱元璋為了節省開支，廢除了前朝大部分的封神祭祀，僅保留少數自古流傳下來的重要代表性神明，也由於專注於發展農業，因此明代只冊封過兩次媽祖，其餘都是派人祭祀，而且大都是因為鄭和的緣故。
《明史》，卷五十，志十六
「洪武元年，命中書省下郡縣訪求應祀神祇、名山大川、聖帝明王、忠臣烈士，凡有功於國家及惠愛在民者， 著於祀典，令有司歲時致祭。二年，又詔天下神祇常有功德於民，事蹟昭著者，雖不致祭，禁人毀撤祠宇。三年，定諸神封號，凡後世溢美之稱皆革去。天下神祠不應祀典者，即淫祠也，有司毋得致祭。」
「三年， 詔革諸神封號， 惟孔子封爵仍舊。」
洪武三年(1370)，媽祖變回「靈惠夫人」，但沒維持太久
洪武五年(1372)，明代初年海運、河運頗爲發達，因此加「孝順純正孚濟感應聖妃」封號。
明成祖朱隸因鄭和下西洋的緣故，對海運的態度轉變為積極
永樂五年(1407)，因鄭和第一次下西洋出訪古里(印度科澤科德縣)平安歸來，建天妃宮於龍江關遣使致祭。
《大明會典》卷九十三 ，可知此時已認定三月二十三日為媽祖生日。
「天妃宮宮在龍江關，永樂五年建。每歲以正月十五日、三月二十三日遣南京太常寺官祭。」
「丁亥永樂五年九月戊午，建龍江天妃廟成，命太常寺少卿朱煇祭告。時太監鄭和使古里，敕加諸番國，還言神多感應，故有是命。」
「已丑永樂七年正月朔，遣中官鄭和，領兵航海通西南夷，封海神宋靈惠夫人林氏為護國佐民妙靈昭應弘仁普濟天妃，建廟于京師之儀鳳門祀之。」
永樂十二年(1414)鄭和〈發心書寫金字經〉
「大明國太監鄭和，法名福吉祥，發心書寫金字《金剛經》《觀音經》《彌陀經》《摩利支天經》《天妃靈驗經》《心經》《楞嚴經》《大悲咒》《尊勝經》《百字神咒》，永遠看頌供養，皇圖永固，佛日增輝。凡奉命於四方，常叨恩於三寶，自他俱利，恩有均沾吉祥如意者。永樂十二年三月吉日謹題。」
鄭和〈發心書寫金字經〉
這是鄭和第四次出使西洋期間所立，至於所發願抄寫的《天妃靈驗經》應該是佛經，但和道藏本《太上老君說天妃救苦靈驗經》有何不同就不得而知了。
永樂十四年(1416)，明成祖為鄭和第四次下西洋平安歸來而親自撰文〈御製弘仁普濟天妃宮內之碑〉立於南京天妃宮內，是中國現存最大的鄭和下西洋石刻。
「恒遣使敷教化於海外諸番國，導以禮義，變其夷習。其初，使者涉海洋，經浩渺，颶風黑雨，晦冥黯慘，雷電交作，洪濤巨浪，推山倒嶽，龍魚變怪，詭形異狀，紛雜出沒，驚心駭目，莫不錯愕。乃有神人飄飄雲際，隱顯揮霍，下上左右，乍有忽無，以妥以侑。旋有紅光如日，煜煜流動，飛來舟中，凝輝騰耀，徧燭諸舟，熇熇有聲。已而煙消霾霽，風浪帖息，海波澄鏡，萬里一碧，龍魚遁藏，百怪藏匿，張帆盪艫，悠然順適，倏忽千里，雲駛星疾。咸曰：「此天妃神顯示靈應，默加佑相。」歸日以聞，朕嘉乃績，特加封號曰「護國庇民靈應弘仁普濟天妃」，建廟於都城之外，龍江之上，祀神報貺。｣
御製弘仁普濟天妃宮內之碑
宣德六年(1431)，正使太監鄭和、王景弘，副使太監李興、朱良、周滿、洪保、楊真、張達、吳忠，都指揮朱真、王衡等人第七次出使西洋前於福建省長樂區南山天妃行宫立〈天妃靈應之記〉碑，俗稱鄭和碑(現移置長樂區南山鄭和史跡陳列館内)。碑額刻有小篆〈天妃靈應之記〉六字，碑文題為〈天妃之神靈應記〉此碑詳細記述了鄭和七次率船隊下西洋的時間和所經諸國，是研究鄭和航海史的珍貴文獻碑刻。
明中葉以後，官方大規模的海事活動停止，媽祖的地位已不再那麼受到官方重視。媽祖信仰的起源--聖墩順濟廟在此時也已不復存在。
《明文海》巻一百十六收錄 朱淛〈天妃辯〉其中也多有懷疑
「宋元間，吾莆海上黄螺港林氏之女，及笄蹈海而卒。俚語好怪傳以為神，天妃封號則不知起于何時?」「吾鄉國清塘上，舊有天妃廟，合境承事勤於祖禰，其土偶設像男女混雜，其衣服往往為人褫去，撐拄支體，守者數以窩盜發覺。前郡太守雲泉吳公，毁其薪木，以新弼教公館，夫不能自庇其身，乃能造福于人?一畝之宫，不能以隂靈呵䕶俾勿壊，乃能凌越鯨波萬里之外，以救胥溺之危不亦難乎?」
「昔唐時，狄仁傑觀察湖南，毁淫祠千八百所，所存惟夏禹、泰伯、季札、伍員四祠，使天妃廟宇之在，其時應存與否?」「以實其事，則其惑世誣民，比之佛老二氏其禍為尤烈也，故為之辯，嗚呼此豈，可與俗人言也哉」
元朝時流傳媽祖事蹟的有《明著錄》、《聖妃靈著錄》但現已失傳，隨著信奉媽祖的人越來越多，佛、道也開始拉攏媽祖，相繼有經文傳世。
永樂十年，內官楊敏奉命出使西洋，航行中因媽祖顯靈庇佑，十二年返還後便刊刻《太上說天妃救苦靈驗經》還願。鄭和於永樂十二年，為了祈求航行平安，於是發願抄寫供養多部的佛經還有可能被視作佛經的《天妃靈驗經》。另外僧人達勝慧於十四年隨鄭和下西洋，啟航之前先向媽祖許願，祈求航行順利，到了十八年，弟子遵照達勝慧之遺願將遺留下來的資財用來刻印《太上說天妃救苦靈驗經》，因此《太上說天妃救苦靈驗經》可能是佛經。
道教經典《正統道藏》係起始於成祖永樂十七年(1419)，至永樂二十年(1422)十月編纂完成，其中收錄洞神部本文類傷字號的〈太上老君說天妃救苦靈驗經〉提到「護國庇民妙靈昭應弘仁普濟天妃」天妃封號，所以應當是成書於明成祖永樂七年後的作品，是一部專屬於媽祖的道經，應該也是現存文獻中最早的媽祖成道故事，還記載著媽祖的眾部將及宗教使命。
〈太上老君說天妃救苦靈驗經〉中的天妃救苦靈符
同樣成書於明成祖之後的《繪圖三教源流搜神大全》卷四〈天妃娘娘〉， 雖然對媽祖的生平開始有稍微詳細的介紹，但也只說媽祖姓林、母親陳氏、兄弟四人從商往來海島間。
明神宗朱翊鈞萬曆時期(1573-1620)的張燮所著《東西洋考》卷九舟師考〈祭祀〉
「天妃世居莆之湄洲嶼，五代閩王時都巡檢林願之第六女也。母王氏。妃生於宋元佑八年一云太平興國四年三月二十三日。」「國朝永樂間，內官鄭和有西洋之役，各上靈跡，命修祠宇。己丑，加封弘仁普濟護國庇民明著天妃。」
提到五代閩王時都巡檢林願之第六女，但母親是王氏(與宋朝《仙溪志》所述相同)，後面這段不知道和《莆田縣志》誰參考誰的。
南州散人吳遷(字還初)著《天妃林娘娘傳》簡稱《天妃傳》為現存最古的一部媽祖神話小說，借用漢明帝的年號永平影射永樂，把媽祖故事背景搬到漢朝。
最重要的是，明末時任職禮部尚書的莆田人林堯俞返鄉祭祖時，觀看《顯聖錄》後希望能將媽祖列為國家祀典，但當時《顯聖錄》中的媽祖事蹟尚不符《禮記》祭祀的規範，於是他在天啟五年至崇禎元年間(1625-1628)運用擔任禮部尚書時的專業，將當時流傳的媽祖事蹟重新組織編撰完成了《天妃顯聖錄》初稿並鼓吹當時湄洲天妃宮的住持僧照乘出版。但當時閩南海域外強及海盜紛擾不斷，照乘和尚無力出版，直到清康熙十五年(1676)左右，海峽情勢穩定，照乘和尚才有能力發行這本書。林堯俞不但為媽祖的身家定稿，也藉由媽祖事蹟形塑媽祖的形象並加入歷朝褒封祭祀的官方史籍資料，內容不再是只有神話的傳說，成為一個完整介紹媽祖生平的傳記經典。
有些資料會說媽祖的歷代封號中有個崇禎封的「天仙聖母青靈普化碧霞元君」，但《天妃顯聖錄》並沒有這個紀錄，有一種說法是因為崇禎信奉道教，明末時海線不安定所以就把媽祖改了個帶有道教色彩的封號。近來也有學者發現這其實是一連串美麗的錯誤，起因應該源自於清朝《使琉球雜錄》的記載，然後又不斷被其他作者引述，就讓媽祖封號莫名其妙多了一筆「天仙聖母青靈普化碧霞元君」。
汪楫《使琉球雜錄》卷五，〈神異〉
「天妃爲海道正神。臣方疏請諭祭，因肅謁見，懸旛纍纍，皆大書碧霞元君。驚呼道士問之，未得其詳。越日，過孩兒巷天妃宮，得天妃經一函。其後詳書歷朝封號，始知碧霞元君爲崇禎十三年加封天妃之號。示夢者，即天妃也」
「明太祖封昭孝純正孚濟感應聖妃。成祖封護國庇民妙靈昭應弘仁普濟天妃。莊烈帝封天仙聖母青靈普化碧霞元君，已又加青賢普化慈應碧霞元君。皇清仍如永樂時封號，歷朝遣官進香致祭，不可勝數。葢禦災捍患，允稱正神，而聖德所感尤捷於影響云。」
根據近來的文獻考證，「元君」是道教對成仙女性的尊稱，「臨水夫人」(順天聖母)和「泰山娘娘」(天仙聖母)都有「碧霞元君」的稱號，兩位女神與媽祖的形象都很接近，從海到山、從生兒育女到護國庇民，業務相互擴展與重疊，因此這三位女神常被互相混淆。
但受崇禎封為「天仙聖母青靈普化碧霞元君」的應該是泰山娘娘，祂也被稱為天妃，所以才會有人將「碧霞元君」誤冠為天妃媽祖的封號，而在北方地區，「碧霞元君」指的就是「泰山娘娘」。民間也有流傳陳林李三奶夫人中的林九娘就是媽祖。
其他詳細資料可參考以下考證文獻
周郢（2014）。明崇禎朝敕封“碧霞元君”考辨——兼論泰山娘娘與媽祖信仰之關係。世界宗教研究，2014(04)，74-80。http://www.mznn.com/mznn/mzdt/dtshowmz88.html